Çene eklemi ağrısı, kıkırdak dokusu sinir uçlarına doğru aşınırsa meydana gelir. Kıkırdağın aşınmasına pek çok şey neden olabilir ancak bilimsel taraflar nedenlerin ne olduğu konusunda mutabık değildir. Bugün pek çok uzman bunun davranışsal, psikolojik ve fiziksel faktörlerin bir kombinasyonu olduğunda hemfikirdir. Diş hekimleri, çenedeki ciddi bir hasarın TMD’nin kesin bir nedeni olduğu konusunda hemfikirdirler.